Sull’arteria statale del Gargano meridionale, che da San Severo porta a Monte S. Angelo, ora coincidente ora parallela all’antica 'via sacra', è adagiata al fondo di una conca poliocarsica, a metri 550 sul livello del mare.

'Ex lamis surgit terra et splendet: viva San Marco in Lamis!' (Filippo de Pisis).

Lame sorte a fondovalle in un terreno paludoso per acque stagnanti provenienti da torrenti in piena dopo violente piogge.
Il nome apostolico della città, lo stemma leonino, l’apposizione che si richiama alle origini dalle acque (dello storico nucleo originario è tuttora vivo il nome di Palude), destano venezianamente analogie ed echi di campanile, ma subito sfumati dalla bonaria e disincantata autoironia dei locali. Il misero casale  medioevale visse lungamente all’ombra feudale della sovrastante e potente abbazia e ancora nel 1648 contava appena 600 abitanti. 'San Marcuccio', infatti, come si è sopra detto, lo appellerà un viaggiatore del 1576. Affrancato da ogni residua feudalità badiale appena nel 1782, il borgo rapidamente 's’incamminò a diventar città' per la rapida fioritura dell’attività agricola e artigianale. Nel 1814 contava già 14.500 abitanti, avendo ottenuto il titolo di città fin dal 1793. Subì poi questa evoluzione nel numero degli abitanti: 15350 nel 1861, 18200 nel 1921, 22050 nel 1951, 19014 nel 1961 e 16528 nel 1971. Il rapido decremento è in relazione alla generale mutata attività economica da agricola a industriale e alla conseguente emigrazione.

Quando gli abati commendatari trasferirono la loro sede nella borgata, assunsero il titolo di Abati di San Marco in Lamis e abitarono il sontuoso palazzo badiale, ora trasformato in sede comunale. Nel 1782, essendo abate il Cardinale Nicola Colonna, l’abbazia fu dichiarata di regio patronato, cioè alle dirette dipendenze del Re di Napoli. Dopo la morte del Colonna essa non ebbe più alcun abate e nel 1809, con sentenza della commissione feudale, venne sciolta ogni confusione di terre tra il Comune di San Marco e il demanio per l’abbazia vacante. Il 16 febbraio 1816 Pio VII e Ferdinando I stabilirono comunque di non sopprimere l’abbazia, perché forniva una rendita di 2000 ducati. Nel 1855, con la creazione della Diocesi di Foggia, Pio IX provvide alla definitiva sistemazione affidando convento e città alle cure spirituali del Vescovo foggiano.

La città vive un annuale suo momento televisivo di risonanza nazionale la sera del venerdì santo con la processione delle 'fracchie': religiosa manifestazione popolare unica nel suo genere.